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基于这一特点,10×GenomicsChromium平台同时测序数千个细胞。
与Smart-seq2等低通量方法相比,10×GenomicsChromium平台因其成本低、效率高而被更广泛地应用于B细胞检测。
在对多种scRNA-seq方法的比较研究中,10×Genomics也比其他高通量方法如Drop-seq和Indrops[33]具有更高的灵敏度,更高的与线粒体基因匹配的reads比例,更低的噪声。
利用10×Genomics和Smart-seq2平台,可以通过不同的免疫球蛋白重链特征区分CRC中B细胞的亚群,聚类结果无明显差异。
但是,10×Genomics也有不足之处,它不能覆盖所有的基因,并且存在3区域偏倚,在检测基因突变或mRNA剪接位点时可能会遗漏一些重要信息。
此外,这种方法对细胞质量有更高的要求,不同的组织和不同的获取样本的方法都不同。
利用scRNA-seq,我们可以更精确地定义细胞的亚型,追踪它们的发育谱系,确定克隆型和表现型之间的关系,绘制不同细胞之间的相互作用和空间关系图,从而从多个维度描述TME。
此外,还需要通过一系列体内和体外实验来验证结果。
我们总结了使用scRNA-seq研究的最新出版物
B细胞受体(Bcellreceptor,BCR)是一种能识别并结合特异性抗原的膜免疫球蛋白,在B细胞的分化成熟过程中起着重要作用。
BCR由两条重链和两条轻链组成,其中可变(V)、多样性(D)和连接(J)基因序列的重组创造了B细胞的多样性。
这种多基因的复杂性使得鉴别不同的受体变得困难。
然而,由于每个B细胞通常表达一个单一的受体,潜在的抗原特异性受体可以通过给定的原细胞链发现。
BCR的两个主要功能如下。
首先,它通过诱导B细胞激活过程中肌动蛋白骨架的实质改变和各种基因的表达来激活B细胞。
其次,它介导抗原的鉴定和提取,从而导致加工过的肽在主要组织相容性复合体II(MHCII)上呈现给T辅助细胞。
因此,BCR测序有助于进一步了解B细胞分化的轨迹及其特异性识别抗原性的机制,特别是当与单个B细胞的完整转录组身份配对时,这为了解癌症的发展提供了线索。
更重要的是,BCR测序可以追踪来自单细胞的群体,揭示克隆型和表型之间的关系。
ScRNA-seq技术在BCR测序中具有天然优势,因为含有UMI的微流控系统可以保证同源VH-VL配对的保存,而这些同源VH-VL配对在B细胞批量测序中可能会丢失。
BASIC是一个在单细胞分辨率上进行BCR测序的平台。
作为重建配对全长BCR序列的工具,BraCeR为B细胞的克隆推断和谱系追踪提供了一个完整的管道。
LIBRA-seq是一种高通量的方法,将BCRse-序列与其同源抗原特异性连接起来,可以用来绘制特定对象中数千个B细胞的抗原特异性。
研究免疫球蛋白以探讨体液免疫的复杂性
免疫球蛋白存在于肿瘤和血清中,在肿瘤中起双重作用。
抗体通过其片段可结晶(Fc)支配功能,并受翻译后修饰调控。
通常,免疫球蛋白是由骨髓和脾脏的浆细胞(PCs)分泌的。
组织炎症区域和肿瘤内部的pc,特别是在三级淋巴结构(TLS)中,分泌肿瘤相关抗体并直接在肿瘤上诱导原位效应。
在抗肿瘤功能方面,IgG是最重要的一类人免疫球蛋白,因为它能够结合巨噬细胞和自然杀伤细胞上的Fcγ受体,并促进、ADCP和CDC的作用。
此外,IgG对抗原处理和呈递至关重要,因为抗原呈递细胞(APCs)上的Fcγ受体可以与IgG包被的免疫复合物结合,激活T细胞。
抗体和抗体分泌细胞(APCs)的单细胞测序有助于进一步明确B细胞体液免疫的复杂网络。
已经报道了一种单细胞液滴微流控测序方案,用于特异性结合靶细胞的抗体,这也适用于初级人类是一种液滴微流体系统,用于高通量单细胞筛选分泌IgG的原代细胞,一方面,通过基于荧光的液滴内单细胞生物测定检测IgG活性,另一方面,用反转录对配对的V基因进行测序。
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